Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События этого аниме разворачиваются сразу после завершения строительства космического подъемника "Эндимион" в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс случайно сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня. Но их встреча не проста - "Ассоциация магов" начинает преследовать Арису и нападает на Академия-Сити, представляя угрозу для города. Чтобы защитить свой город от этой угрозы, образуется движение сопротивления, которое возглавляет Шатаура Секвенция.

Однако, главные герои вскоре узнают, что Арису можно использовать как средство для разжигания войны между миром магии и миром науки. Они получают эту информацию от Стэйла Магнуса, и теперь им предстоит принять сложное решение - как использовать свои способности и помочь Арисе, не попав в ловушку между двумя враждующими мирами. Возможно, они смогут найти путь к миру и спокойствию, но для этого им придется преодолеть множество препятствий и испытаний на своем пути.