В необъятной вселенной, простирающейся на множестве планет, включая нашу собственную Землю, люди подвергаются угнетению Механизированной империи и наконец решают восстать. Тэцуро Хосино уже несколько лет воюет на передовой, исчерпав свои силы в этой бесконечной битве. С каждым днем надежда угасает, а отчаяние охватывает его душу. Но внезапно на горизонте появляется Галактический экспресс 999, прибывающий на Землю. И вскоре Тэцуро получает сообщение от Мэйтел, которая призывает его вернуться на борт 999-го поезда. Сражаясь с последними силами, он пробивается к станции и отправляется в свое новое приключение, наполненное тайнами и загадками.
Вместе с Галактическим экспрессом 999 Тэцуро погружается в мир огромных пространств и невероятных возможностей. Каждая остановка на пути становится для него испытанием, где он раскрывает свои скрытые способности и сталкивается с опасностями. Встречая новых союзников и врагов, он пытается разгадать загадку своего собственного прошлого и найти истину о Механизированной империи. В каждом вагоне поезда скрываются тайны, и только Тэцуро может найти ключ к их разгадке. Смогут ли его смелость и решительность преодолеть все преграды и привести к освобождению Земли от тирании? В его руках судьба всей галактики.