После окончания Второй мировой войны в Японии сформировалось тайное агентство, посвященное борьбе с терроризмом и экстремизмом. Эта организация, нацеленная на серьезные и сложные задачи, набрала в свои ряды исключительно профессионалов. И никто не удивился тому, что среди этих профессионалов оказались ниндзя. Сначала они работали только в пределах Японии, но вскоре стали глобальным агентством. Ниндзя приступили к выполнению не только местных, но и международных операций. Количество сотрудников организации превысило двадцать тысяч человек по всему миру.
Один из сотрудников - главный герой нашей истории, парень по имени Кудо. Он является старшеклассником и в момент поступления в агентство ему было семнадцать лет. Кудо не слишком удачлив, но несмотря на это, он прикладывает максимум усилий, чтобы стать одним из лучших ниндзя. Он часто сталкивается с трудностями, у него мало друзей, готовых поддержать его, и интенсивные тренировки часто выбивают его из сил. Но его мечта достижима, хотя он не должен забывать о школе и обязанностях по дому. Поэтому главный герой работает неполный рабочий день и не может полностью посвятить себя своей работе.