В январе 2118 года главный инспектор Бюро общественной безопасности, Аканэ Цунэмори, получает информацию о загадочном инциденте на иностранном судне. Вместе с руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, Ацуси Синдо, они отправляются на место происшествия. Однако, по неизвестным причинам, расследование передается Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. Прибыв на судно, они обнаруживают мертвую доктора Милицию Стронскую, которую Ацуси пригласил на встречу. За инцидентом стоит таинственная организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследует уже долгое время.
Департамент уголовного розыска выясняет, что "Нарушители мира" нацелились на исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской". В целях совместного расследования, первый отдел департамента уголовного розыска создает команду, включающую Департамент поведенческих расследований. Вместе с бывшим беглецом из Бюро общественной безопасности, Шинью Когами, команда отправляется в Дэдзиму для получения этого загадочного документа. В ходе расследования Аканэ и Когами сталкиваются с неожиданно крупным делом, связанным с "Документом Стронской". Они становятся свидетелями раскрытия скрытой истины, которая может потрясти японское правительство и систему "Сибилла". Это нерассказанная история, являющаяся связующим звеном между аниме "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3".