После вступления Макото Юки в студенческую обитель частной академии Гэккокан, его обыденная жизнь претерпела кардинальные изменения. Внезапное нападение загадочного монстра, известного как Тень, пробудило в нем необычные способности - возможность вызывать Персоны, сверхъестественные сущности. При обнаружении потенциала Макото, недоступного обычным студентам, члены тайного студенческого клуба SEES, посвятившего себя борьбе с загадочными Тенями, пригласили его присоединиться к их рядам. Вначале отчужденный и равнодушный, Макото согласился без особого энтузиазма. Но со временем он начал ощущать глубокую связь с новыми друзьями, с которыми ему предстоит сражаться в этой борьбе.
Приближается лето, и несмотря на то, что битва с Тенью далека от завершения, расследование только набирает обороты. Друзья из SEES находят новые пути, чтобы окончательно покончить с "Темным часом". В это время Макото сталкивается с внутренним конфликтом, где сохранение своего уникального места сталкивается с необходимостью борьбы с темной угрозой. Он ощущает, что может потерять единственное место, которое объединяет его со всеми этими людьми, и сталкивается с возрастающей сложностью в поисках баланса между этими двумя аспектами своей жизни.