Действие этого аниме разворачивается в воображаемом параллельном мире, где царит средневековая эпоха. В Японии, наполненной множеством разнообразных духов, большинство из них просто скитаются по стране и не представляют опасности для живых людей. Однако среди них есть и злобные призраки, которые жаждут хаоса и мести, стремясь причинить вред всему живому. В этом мире путешествует загадочный Аптекарь, который не только торгует лекарствами, но и является главным охотником на так называемых «мононокэ» - самых опасных и злобных духов, решивших мешать обычным людям.
Для уничтожения этих призраков Аптекарь использует особый меч, однако просто удары мечом недостаточны для их уничтожения. Каждый раз перед битвой главному герою необходимо пройти три этапа подготовки. Первый этап - "Форма", на котором Аптекарь должен призвать форму призрака, сделать его видимым. Второй этап - "Суть", на котором он должен разузнать как можно больше информации о прошлом призрака, когда тот был еще человеком. А на третьем и последнем этапе - "Причина", самом сложном из них, Аптекарь должен понять мотивы, по которым дух блуждает по миру. Ведь только поняв причину, он сможет окончательно покончить с ним и вернуть мир к спокойствию.